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Expresión Diferencial de Genes Mediante Microarray de ADN

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Francisco García Cózar

tel. (+34) 956 015 316 / 956 015 902 / 956 005 579

curro.garcia@uca.es

Edificio

Campus de Cádiz

C/ Dr. Marañón,3

11002 | Cádiz

Descripción

El objetivo de este proyecto es la comparación del transcriptoma de varias muestras de RNA humano mediante el uso de la tecnología de Microarray utilizando la plataforma Codelink®.

Capacidades y Recursos

  • Instrumental para el manejo de RNA y DNA
  • Instrumental para el marcaje e hibridación de microarrays de DNA
  • Instrumental para el scaneo de microarrays
  • Software para el análisis de microarrays
  • Personal cualificado

Normativa y Procedimientos Aplicables

  • Preparación de las muestras.
  • Cuantificación y evaluación de la calidad del RNA
  • Retrotranscripción del RNA mensajero añadiendo secuencias del promotor de la T7 RNA polimerasa.
  • Transcripción in vitro del cDNA anterior incluyendo nucleótidos marcados con Biotina
  • Hibridación del cRNA marcado con microarrays de DNA a genoma completo de la plataforma Codelink®
  • Revelado de las muestras con Streptavidina fluorescente
  • Adquisición y cuantificación de la fluorescencia
  • Análisis bioinformático incluyendo Normalización y comparación de los microarrays
  • Elaboración de un informe que contenga los genes diferencialmente expresados.

Otros Datos de Interés

  • Necesitamos al menos 1µg de mRNA (eucariotas) preferiblemente a una concentración de 100ng/l.
  • Recomendamos cuantificar el RNA por fluorescencia (tipo Qubit).
  • Antes de enviar la muestra, enviar por email:
    • Datos de la muestra, indicando el volumen que se tiene. Indicar los microgramos de RNA total de partida en el caso de que envíen RNApolyA ó ribosomal-depleted RNA .
    • Datos de espectrofotómetro: concentración, A260 (valor y curva), A280, A230.
    • Datos de concentración por fluorescencia (si se ha realizado).
    • Gráficos del Bioanalyzer. Si no se dispone del equipo, foto de electroforesis en agarosa con marcador de pesos moleculares de concentración conocida. Indicar el volumen de muestra cargado.
  • Para evitar pérdida de la calidad/cantidad de la muestra durante su envío, deben enviar la muestra en hielo seco. Tomar la precaución de rotular los tubos de forma que a su llegada se pueda identificar la muestra sin problemas y taparlos con parafilm. Para evitar roturas, introducir lo tubos en otro recipiente que evite el contacto directo del tubo con el hielo. Manipular las muestras en condiciones RNAsa-free. La muestra de RNA polyA o ribosomal-depletec debe venir acompañada de una alícuota(5ng/µl, 5µl) del RNA total de partida.
  • Copia firmada y sellada del presente presupuesto.

Tarifas

Etapas del Proyecto
muestra
Preparación de muestras y Marcaje
100
Hibridación y Escaneado
300
Análisis Bioinformático
200
cierre
temas

 (13)  cultura (18)  derecho (15)  educación (17)  energía (14)  historia (23)  literatura (16)  mar (18)  materiales (13)  social (13) 

Grupos de Investigación

AGR (3)  BIO (1)  CTS (34)  FQM (24)  HUM (49)  RNM (17)  SEJ (32)  TEP (22)  TIC (9) 

servicios técnicos homologados

AGR (2)  BIO (1)  CTS (4)  FQM (5)  HUM (2)  RNM (12)  SEJ (1)  TEP (15)  TIC (5) 

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